Con Junior, su cuarto equipo en Colombia, Alfredo Arias buscará su primer título en el rentado nacional.

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Para el uruguayo esta será su segunda final, luego de la que perdió con el Medellín ante Junior, en el segundo semestre de 2023.

En el partido de ida, en Barranquilla, los tiburones ganaron 3–2 con doblete de Carlos Bacca y un gol de José Enamorado. Por el ‘Poderoso’ marcaron José Ortiz y Diego Moreno. En la vuelta, en el Atanasio Girardot, el rojo ganó 2–1 con goles de Joaquín Varela y Edwuin Cetré. Vladimir Hernández descontó para Junior y forzó la definición desde el punto penal, que el cuadro rojiblanco ganó 5–3.

Con el Deportivo Cali, Arias tuvo dos ciclos. El primero lo arrancó en 2020, en el cual fue eliminado en cuartos de final por La Equidad. Ese año solo se disputó un torneo por la pandemia.  El cuadro caleño fue cuarto en el todos contra todos con 34 puntos.

En el primer semestre de 2021 fue cuarto en la fase regular con 31 puntos y cayó en cuartos de final ante el Tolima.

En el segundo semestre de 2021 fue despedido después de la octava fecha.

Su segundo equipo en Colombia fue Santa Fe, al que dirigió en el segundo semestre de 2022 y terminó primero del todos contra todos con 34 puntos.

En los cuadrangulares fue tercero con 9 puntos, detrás de Pereira con 12, Millonarios con 11. Junior fue cuarto con uno.

Arias renunció a Santa Fe para dirigir al Peñarol, pero volvió a Colombia para el segundo semestre de 2023, contratado por el Medellín.

Con el ‘Poderoso’ fue segundo del todos contra todos con 39 puntos. En cuadrangulares terminó primero en un grupo en el que compitió con Millonarios, Nacional y América.

Pese a perder la final con Junior, Arias fue ratificado para 2024, en cuyo primer torneo quedó eliminado de los cuadrangulares por diferencia de goles. Terminó noveno con 29 puntos, igualado con Once Caldas y Junior.

Del Medellín salió tras la cuarta fecha del segundo torneo de 2024 y luego fue contratado nuevamente por el Deportivo Cali para los últimos cinco partidos, en los que no pudo dirigir en la raya.

Con el verdiblanco ganó dos partidos, perdió tres y ocupó el puesto 17 con 17 puntos.

Dirigió al Cali en todo el primer semestre de 2025 y quedó eliminado de los cuadrangulares al terminar en el puesto 13 con 24 puntos.

Como técnico del Junior, Alfredo Arias fue presentado el 24 de junio en reemplazo del venezolano César Farías. Terminó quintó en el todos contra todos con 35 puntos y en el ‘grupo de la muerte’ en los cuadrangulares superó a Nacional, Medellín y América.